棉花杆具有栽培双孢蘑菇、用作燃料、制备羧甲基纤维素、生产高密度纤维制品、用作堆肥和牲畜饲料等用途。棉花杆一般用作农民的燃料，其利用价值较低。由于棉花杆丰富又便宜，还可以用来制作棉花棒纸。利用棉秆还可以生产高密度纤维制品。另外，通过微生物分解棉秆中的木质素，进行堆肥处理，从而获得良好的生物肥料性能。

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