小葱生长期间主要是虫害，如地蛆、棉铃虫。病害较少，在秋雨大的年份有灰霉病。为防止 地蛆的发生，在播种前及葱苗出土后10天各喷1次300～500倍的敌百虫，或在定植前用500 倍的敌百虫溶液浸蘸葱根，这样可有效防止地蛆的发生。

苗期还要防治棉铃虫的危害，在孵化期至二龄期，幼虫尚未蛀入葱叶内时施药，可选用21%灭杀毙600倍液，2.5%功夫乳油5 000?倍液。如果秋季雨水大的年份易发生灰霉病，可用克霉灵500倍液或50%万霉灵800倍液交替喷药防治；在扣棚膜、去枯叶后，用800倍的万霉灵喷1遍，可有效防止灰霉病的发生。  

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