莲子多年生水生草本；根状茎横生，肥厚，节间膨大，内有多数纵行通气孔道，节部缢缩，上生黑色鳞叶，下生须状不定根。叶圆形，盾状，直径25-90厘米，全缘稍呈波状，上面光滑，具白粉，下面叶脉从中央射出，有1-2次叉状分枝；叶柄粗壮，圆柱形，长1-2米，中空，外面散生小刺。

花梗和叶柄等长或稍长，也散生小刺；花直径10-20厘米，美丽，芳香；花瓣红色、粉红色或白色，矩圆状椭圆形至倒卵形，长5-10厘米，宽3-5厘米，由外向内渐小，有时变成雄蕊，先端圆钝或微尖；花药条形，花丝细长，着生在花托之下；花柱极短，柱头顶生；花托(莲房)直径5-10厘米。坚果椭圆形或卵形，长1.8-2.5厘米，果皮革质，坚硬，熟时黑褐色；种子(莲子)卵形或椭圆形，长1.2-1.7厘米，种皮红色或白色。花期6-8月，果期8-10月。

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