莲子含有丰富的营养成分，而且吸湿性大，一旦受潮，霉菌极易繁殖，莲子顶端长出白毛，同时害虫也乘虚而入，产卵孵化，蚕食莲子。因此，莲子的合理保存，对保持莲子品质及色泽甚为关键。

50~100公斤左右的少量莲子可以用土办法贮藏，贮藏前按每50公斤干莲子配1.5~2.5公斤干辣蓼草预备好，辣蓼草也要充分晒干去杂，将辣蓼草垫在容器内下部，上部盛装干莲子，然后加盖密封。这样莲子可以贮藏到第二年新莲子上市，一般不生虫，不霉变，色泽如新，质量完好。

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