海狸鼠大多采用纯种繁育。纯种繁殖有利于鼠群的有益经济性状和双亲的基本色型遗传给后代。

杂交繁育应在以下的条件下进行：要想获得黄褐色海狸鼠，则采用标准色海狸鼠与银蓝色海狸鼠（或黄褐色海狸鼠或意大利白色海狸鼠）进行杂交。

由显性基因所控制的彩色海狸鼠，如金黄色海狸鼠、雪白色海狸鼠、柠檬色海狸鼠、阿塞拜疆白色海狸鼠等，如果采用纯种繁育，显性基因纯合体致死，其繁殖力下降。

为了克服致死现象，宜采用杂交繁育方法。培育两对以上突变基因所组合的色型，如珍珠色、雪白色、深褐色、柠檬色等色型，也要进行杂交繁育。

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