微生物饵料可以划人动物性饵料中，目前使用不多，主要是酵母类。由于各类酵母含有很高的蛋白质、维生素和多种虾类必需氨基酸，特别是赖氨酸、维生素B、维生素D等含量较高，在配合饲料中可以适当使用，比较常用的有啤酒酵母等。目前在饲料开发中日益显得重要的活菌制剂，是以一种或几种有益微生物为主制成的饲料添加剂。可以在养殖对象体内产生或促进产生多种消化酶、维生素、生物活性物质和营养物质，有的制剂能够抑制病原微生物，维持消化道中的微生物动态平衡，是一类有价值的新型饲料源。

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