病毒病是秋季保护地番茄的突出病害。病毒来源包括番茄黄化曲叶病毒、烟草花叶病毒和黄瓜花叶病毒。几种病毒源的混合感染可导致田间多种病毒疾病的混合发生。遮阳网和防虫网应该用来降低温室温度和阻挡毒虫，如粉虱、蚜虫和蓟马。适时中耕，促进根系发育；根据植物和天气条件，合理浇水，防止过度生长。注意平衡施肥，防止过早衰老，增强抗病能力。野外作业时不要吸烟。在修剪和分枝过程中，健康植物应该在患病植物被修剪之前被修剪。触摸患病植物的手应该用肥皂水清洗。及时使用色板和化学品来防治有毒有害生物。

晚疫病是番茄的毁灭性病害，具有发病快、传播快的特点。一旦病害发生，如果不及时合理控制，可在短时间内蔓延至整个大棚，造成拔苗。应注意通风、温度控制和湿度调节，以避免叶片表面结露或形成水膜。浇水后避免雨天，发病后适当控制浇水；发现病害植物喷施72%霜脲氰锰锌可湿性粉剂、68%甲硝唑锰锌水分散粒剂、52.5%唑胺酮霜脲水分散粒剂、25%嘧菌酯悬浮剂、少雄腐霉可湿性粉剂等药剂。预防和控制应尽可能采用常温下的烟雾应用。

叶霉病和早疫病在病情严重时会导致叶片干燥和产量下降。浇水后应合理调节温度和湿度，避免雨天，发病后应适当控制浇水。在发病初期，喷洒40%氟硅唑乳油、10%苯醚甲环唑水分散粒剂、47%春雷霉素铜可湿性粉剂、寡雄腐霉可湿性粉剂等药剂。硫磺熏蒸剂可用于疾病发作前的定期熏蒸。

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