杏鲍菇的病虫害应以预防以主，一旦大理发生时才考虑用药。营养生长阶段常见的真菌病有、绿霉、毛霉、黑霉、黄霉等。

防治方法，选用新鲜的原料彻底灭菌，较严重时，将被侵染的菌袋去除，用多菌灵500倍液喷。在出菇期间，应进行适当的干湿交替管理，严格控制湿度、温度。虫害主要为菇蚊、蝇类，如果轻度发生可加强通风降低湿度，或有黑光灯诱杀。较严重时，将被侵染的菌袋去除，可用500-1000倍的菇虫净、敌敌畏喷雾于菇床上，3天内幼虫死亡，消灭成虫需要再用药1-2次。

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